В случае ввоза иностранных товаров и помещения их под таможенный режим свободной таможенной зоны (свободного склада) применяется освобождение от уплаты таможенных пошлин и налогов в соответствии с таможенным законодательством и законодательством Российской Федерации о налогах и сборах. При этом не вводится никаких ограничений права пользования и распоряжения такими товарами, за исключением необходимости использования таких товаров только в рамках границ территорий особых экономических зон.
Для целей ввоза товаров с территорий особых экономических зон на остальную часть таможенной территории Российской Федерации таможенный режим свободной таможенной зоны должен быть изменен на иной. При этом уплачиваются таможенные платежи, установленные в отношении вновь избранного таможенного режима.
Следует отметить, что в случае совершения с иностранными товарами, помещенными под таможенный режим свободной таможенной зоны, операций по переработке, в результате которой величина добавленной стоимости переработки составляет не менее 30 процентов, а для товаров, относящихся к электронике и сложной бытовой технике, -не менее 15 процентов, и такая переработка влечет изменение кода товара по таможенной классификации, товар считается произведенным в Особой экономической зоне. Товары, считающиеся произведенными в Особой экономической зоне, что подтверждается сертификатом о происхождении товара, и ввозимые на остальную часть таможенной территории (а также на территории стран Таможенного союза), освобождаются от уплаты таможенных пошлин и налогов. К указанным товарам не применяются меры экономической политики.
В отношении иностранных товаров, ввозимых на территорию Особой экономической зоны и затем вывозимых за границу (как с переработкой, так и без переработки), таможенные пошлины, налоги, а также сборы за таможенное оформление не взимаются, меры экономической политики не применяются. При этом указанный порядок налогообложения применяется только в случае заявления лицом таможенному органу о намерении вывезти товары еще при ввозе таких товаров на территорию Особой экономической зоны.